經過艱苦的激戰，汽車人奪回飽經戰火的母星賽博坦。擎天柱表彰了大黃蜂等部下的功勛，隨即和千斤頂踏上了前往宇宙深處尋找火種源的漫長之旅。另一方面，宇宙大帝喚醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），對他的力量進行升級，以期消滅普神，創造混沌紀元。擁有光速的威震天，氣勢洶洶向賽博坦逼近。與此同時，大黃蜂等人一面進行賽博坦的復建工作，一面防備紅蜘蛛和震蕩波等人的侵襲。誰知此時，兩只巨猙獰的出現讓一切陷入混亂。似乎感受到霸天虎的衰落，擁有原始獸性的巨猙獰沖云霄蠢蠢欲動，為禍四方。賽博坦黎明的前夕，和平遠遠未曾到來，最可怕的遠古軍團即將復活…