主角·山本大介在年幼時因飛機失事而流落南美的亞瑪遜河流，但奇跡的是他能夠靠自己一個人生活下去，更在森林中練就一身鋼鐵般的身軀。但此時邪惡組織·基度想利用古代印加文明征服世界，為了對抗基度，古代印加文明的承繼兼守護者巴哥長老對山本大介施手術，并于左臂殖入印加秘寶嘰嘰腕輪，將他改造而成的神秘戰士蜥蜴改造人·假面騎士亞瑪遜。大介之后回到日本欲查明自己身世，進而展開與入侵日本的十面鬼率領之基度組織對抗的命運。